Garcigon, aunque no soy un experto, voy a intentar aclararte como está el tema:
Cabe interpretar por lo que te dice tu banco que ahora mismo tienes concedido un préstamo cualificado ; es decir, que parte de tu letra (durante los primeros 5 ó 10 años) la está pagando la Administración (no se si central, autonómica o local). Por ejemplo, tienes un préstamo cualificado de 100.000 euros a 20 años a un interés actual del 3,5%. Dichas cifras arrojan una cuota mensual aproximada de 580 euros. Suponiendo que la subvención sea de un 20%, la cuota que tienes que pagar se reduce (más o menos) a 464 euros, lo que significa una subvención real mensual de 116 euros.
Según la normativa legal en vigor, los préstamos cualificados se pueden amortizar parcialmente en la cuota pero no en el tiempo. Es decir, que puedes rebajar el capital pero no los plazos. Puedes reducir el préstamo de 100.000 a 90.000 euros, pero nunca adelantar la fecha de amortización.
Consecuencia: si rebajas el capital se te rebaja la cuota y, consecuentemente, también será menor la subvención que estás recibiendo que es un porcentaje sobre la cuota. Así que piénsate bien si te interesa hacer amortizaciones parciales.