Hola, mi experiencia con esa oficina es también para llorar, la verdad que hace tanto que no la piso que no se ni quién sigue por allí.
Centrando tu problema, si tienes esa cuenta exclusivamente para pagar la hipoteca, no haces más que ingresar para pagar la letra y no haces ningún otro movimiento, por ley no tienes por qué pagar comisiones.
Según el BDE:
http://www.bde.es/bde/es/secciones/servicios/Particulares_y_e/Servicio_de_Recl/Criterios_de_bue/Comisiones/Depositos.html
Comisiones de mantenimiento en cuentas vinculadas a otra operación de activo o pasivo
El Servicio considera que cuando las cuentas se mantienen por imposición de la entidad o cuando son utilizadas exclusivamente para abonar los intereses de un depósito o para dar servicio a un préstamo hipotecario no corresponde a los clientes correr con los gastos de ninguna comisión por mantenimiento o administración.
Ciertamente, tales situaciones conducen al absurdo de que el cliente tenga que pagar por cumplir una obligación -como la apertura de una cuenta para facilitar la gestión de la entidad- que la propia entidad le impuso en interés propio, lo cual es claramente contrario al principio de reciprocidad y a las buenas prácticas y usos bancarios.
Esto lo puedes reclamar a la oficina y al BDE.
Suerte!