la provisión de fondos la firmarás el mismo día de la escritura (si es que no has ido antes por la gestoría...). Es ahí donde la gestoría te mostrará los servicios que te van a cobrar, donde se refleja lo del 0.2 del IAJD o 0,5% bien 1%, dependiendo. En cuanto al modo de pagarlo, se suele cobrar por parte de la gestoría uno o dos días después.
Como bien dices si tienes el dinero en cuenta y le das el número de cuenta ellos te lo cobran y listo. Si sobrara te lo vuelven a ingresar en esa cuenta pasado unos meses. Si bien ya tienes dinero en la cuenta del banco con el que te vas a hipotecar ellos mismos lo mueven todo sin tu hacer nada.
Lo que véas más cómodo para ti.