La desgravación se aplica por la adquisición de la vivienda habitual, no por el hecho de tener una hipoteca, y si tu pareja no figura en el registro, como propietaria de la vivienda, dificilmente lo va a poder demostrar.
Por otro lado si figura en la hipoteca se está haciendo cargo de la deuda, pero no del bien.
Si haces un contrato privado, en él le debes de reconocer, no las cantidades aportadas, si no el % que le corresponde de la vivienda X, y hacerlo ante notario.
Creo que de no hacer las cosas bien, tu pareja puede quedar bastante desamparada en caso de que surjan problemas.
Asesórate con un abogado o notario y en cuanto a la desgravación puedes hacer la consulta en la Agencia Tributaria.
Entiendo que tendréis vuestras razones para que ella no figure en las escrituras...y que inténtais hacer las cosas con buena fe...pero mirar muy bien lo que hacéis... después pasan las cosas y no vale con echarse las manos a la cabeza.