Hola Bono,
Siento no poder contestarte a ciencia cierta el motivo real pero por lo que creo y se ha podido ver,
la cimentación en esa parte del edificio se ha realizado a una cota inferior que la del resto (tanto en Fase 1 como en 3), quiza por que no eran terrenos adecuados para apoyar las zapatas, recordad que por ese tramo pasa la modificación en el trazado del colector, y por lo tanto el terreno se excavó y rellenó con posterioridad con tierras, no siendo valido el apoyo directo de las zapatas sobre estos rellenos. Por este motivo creo que han tenido que cimentar a cota inferior que el resto del edificio.
Además de este problema han tenido que realizar cimentaciones especiales en algunas zonas(pilotaje de zapatas) pues el firme superficial en estas zonas no debia ser adecuado.
También ha podido influir las medidas especiales de ejecución motivado por la existencia de las casitas.
Espero haberte respondido. Lo mas importante es que lo estén ejecutando bien.
Un saludo.