A ver: el IAJD SIEMPRE es en concepto de escrituras. Por tanto las escrituras de compraventa y de constitucion de hipoteca van gravadas con el IAJD. Lo que pasa es que la escritura de subrogación está exenta de este impuesto.
Es decir: si te subrogas la hipoteca de BBVA, haces dos escrituras, pagas al notario por esas dos escrituras, y pagas IAJD por una de las dos escrituras, es decir la de compraventa (la de subrogación está exenta).
Si no te subrogas, entonces la diferencia es que pagas IAJD por cada una de las dos escrituras (la de compraventa, y la de constitucion de nueva hipoteca).
Insisto, todo esto salvo equivocación por mi parte, (y me equivoco a menudo). Lo mejor es que consultes con el banco.