Que tal c_m,
Me imagino que te harán escriturar al precio de compra, o mejor dicho de venta que se hizo en un primer momento.
Esto tiene sus ventajas y sus inconvenientes. Pagas menos IVA (porque me imagino que te lo venderán como primer comprador)pero como en un futuro lo vendas tendrás que pagar una plusvalía entre el precio de venta y el de compra.
Si te hacen pagar algo en B (cosa que no me extrañaría porque lo hacen muchas constructoras) haz que te lo justifiquen de alguna manera en el contrato, no se como, pero seguro que habrá alguna forma.
Sobre la pregunta de si es normal o no... te puedo decir que es frecuente vender pisos (y otras tantas cosas) y escriturarlos a un precio inferior, de esta forma salen ganando comprador y vendedor...