No sé con que banco o caja tienes tu cuenta, pero si hablas con ellos y les caes bien, por los cheques te podrían cobrar mucho menos, si quieren no te cobran comisión, a nosotros nos cobran lo mínimo en el bbva 1,5 euros (250pts) sea cual sea la cantidad que lleva el cheque.
Echale morro y dile que llevas mucho tiempo con ellos y que si puedes subrrogaras la hipoteca a su banco (aunque sea mentira), ya que aún os quedan algunos cheques más, como el de la firma de contrato o el de entrega de llaves, y estas cantidades son superiores al medio millón que disteis de reserva, por lo tanto, se llevarán más comisión.
Un saludo