Efectivamente, está obligado a emitir el certificado.
En cuanto a que cobre por ello, lógicamente dependerá de lo que diga el contrato de servicios firmado entre comunidad y administrador-secretario, que detallará si ese servicio está o no incluido en los honorarios. Y si no dice nada al respecto, o no existe contrato, no podrá cobrarlo, al ser un servicio obligatorio por ley..
Por cierto, y a título de opinión puramente personal, querer cobrar por un certificado de este tipo dice muy poco a favor del administrador.