No tengo ni idea de por qué se os ocurre hacer eso, pero cada cual con sus cosas se apaña.
Existen dos tipos de ayuda diferentes (en algunos casos excluyentes entre sí) Subvenciones a la entrada (por menores de 35 años entiendo que deberías solicitarlas ya -3000 € si no recuerdo mal) y bonificaciones sobre las cuotas del crédito hipotecario (lo que se llama hipoteca bonificada) que oscilan cuando tienes derecho a ellas entre el 5 y el 10 % durante 5 o 10 años.
El motivo por el que me parece muy peregrina la idea de no acceder a la hipoteca con la entidad que TIENE ADJUDICADA LA PROMOCIÓN POR CUPO (el promotor habrá solicitado en el momento de la calificación provisional o inicial un crédito bonificado al PROMOTOR y los adjudicatarios deberían subrogarse en el préstamo correspondiente) es que siempre puedes mantener tu cuenta en tu banco habitual y remitir desde este los pagos de la hipoteca al que la tenga adjudicada. Vamos, que si es por superar los niveles máximos de ingresos, vale, pero siempre serán mejores las cuotas a pagar cuando las tienes bonificadas que cuando entras a un préstamo libre. De todas formas te remito a la página de Vivienda de Madrid (no pones desde dónde escribes así que lo presupongo) para que consultes toda la documentación al respecto
http://www.madrid.org/oficinavivienda/