Hola,
Yo en estos trámites estoy bastante pez, no es mi fuerte, pero entiendo que si te han propuesto (como a mí) escriturar por menos importe, la ventaja que yo le veo es que tienes menos gastos (IVA, registro, etc.. Ya sabes que los gastos generados por la compra de un piso supone el 10% del valor del mismo, por lo cual si el valor del piso baja, los gastos originados son también menores.
No sé si te servirá como aclaración. De todas maneras puedes consultárselo a este señor de UNIFO con el que hablaste y seguro que te lo explica.
Saludos.