Hola,
No es que la plaza de garaje se pague a parte. Entra todo en el mismo bloque, el problema viene si quieres pedir mas dinero para la hipoteca.
Si necesitas algo mas de dinero por que has comprado una segunda plaza de garaje, por ejemplo, o simplemte cambiar de banco, este nuevo banco te hace una tasacion de la vivienda para ver cuanto puede darte y el problema viene por que las plazas de garaje no pueden entrar en esa tasacion, ya que no se pueden hipotecar, por lo que el valor de la misma es menor, y menos es la cantidad que el banco te puede ofrecer.
Si te has quedado con la hipoteca de coivisa y no has modificado la cantidad del contrato, no tienes ningun problema. Salvo una hipoteca ! ;)
Saludos.