Poca solución tiene eso... jajajaj Los propietarios de las páginas webs tienen que vivir de algo, y ese algo es: PUBLICIDAD. Otra cosa son las páginas de "enlaces" torrent y demás, que ponen "tropecientosmil" banners y popups de publicidad. Te recomiendo que uses chrome que al menos los popup te los bloquea :-D
En principio, no necesitas ninguna limpieza en tu PC.
Por otro lado, si crees que tienes algo malicioso, descarga esto que es gratis: Spybot Search&Destroy
con eso quitas el software malicioso leve/medio.
Y finalmente puedes pasar un antivirus online para ver si tienes algo más gordo.
No has dicho tampoco ni el sistema operativo que tienes ni nada. Poco más podemos ayudarte.