La comisión de cancelación te afectará, ya que tendrás que pagarle al banco ese 1% del capital pendiente en el momento que vayas a cambiarte, pero no sólo eso, porque para cambiar de hipoteca tendrás que cambiar la escritura de la casa, por lo que tendrás que volver a ir al notario, etc...
Te pongo un link donde te detallan cuales serán los gastos a asumir
http://www.canalhipoteca.com/guia.php?id=7&idp=55#55 Lo que no sé es qué significa la comisión de amortización, me suena a que puede ser una comisión que te cobren por la amortización acelerada a la cancelación de la misma por subrogarte a otra entidad, pero no estoy muy segura.
De todas formas la hipoteca de la que hablas tiene buena pinta, ¿pq la quieres cambiar? ten en cuenta que el irte a otro banco implica que a lo mejor tengas que volver a hacerte un seguro de vida, de casa, ....