Hola Charlyto ,
En un principio sí puedes usar esos 20000€ para pagar el IVA correspondiente de la hipoteca. Si hace falta un talón aparte para el IVA depende de la promotora. Habla con ellos y pregúntales cómo tienes que llevarles ese dinero.
Respecto al dinero que te falta por pagar antes de la entrega de llaves, eso depende de la promotora... Como dices que tienes que haber pagado un 20% antes de la entrega de llaves, entiendo que ese dinero tienes que darlo antes de la firma de escrituras y, por lo tanto, antes de la constitución de la hipoteca (la hipoteca se constituye el mismo día que firmas las escrituras). En ese caso podemos decir que no todavía no tienes el dinero de la hipoteca y, por lo tanto, no puedes dar la cantidad que te falta para llegar al 20% que debes pagar antes de la entrega de llaves. En estos casos se suele hablar con el banco que te va a conceder la hipoteca y pedir un "crédito puente", es decir, te prestan el dinero que necesitas antes de la entrega de llaves y luego, cuando vayas a formalizar la hipoteca, incluyen esa cantidad prestada en tu hipoteca.