Hola Picarma:
Todo lo que has ido pagando de la vivienda te desgraba (creo que solo en el caso de que sea tu primera vivienda o la habitual, eso no estoy segura). El certificado es a modo informativo de la cantidad que habeis ido pagando...
Si hacienda te pide que lo justifiques, eso no te vale, serían los justificantes del banco los que tendrías que llevar.