Creo que significa que no te has acogido al tipo de préstamo del Ministerio de Fomento que tiene unas condiciones específicas (a 20 años, con tipo de interés inferior al del mercado...) y al que diferentes bancos han llegado a acuerdos con el Ministerio para poder conceder.
Si te subrrogaste al prestamo del constructor en CajaMadrid no deberías tener ningún problema.
Si cambiaste de banco (ampliando el plazo o el importe, por ejemplo) entonces no tienes un prestamo cualificado y no te pueden conceder las ayudas (viene en la ley: Real Decreto 1/2002 de 11 de enero para ayudas a las viviendas de proteccion oficial acogidas al plan cuatrienal 2002-2005)
Basicamente creo que es eso.
Saludos