Sgjm, el importe de esa letra es para pagar el IVA pendiente de tu vivienda y no el IVA de la hipoteca, la hipoteca en sí no lleva IVA.
Me explico, pongamos un ejemplo sencillo para ilustrar:
Imagínate que tu casa vale 200 euros mas un 7% de IVA lo que hace un total de 214 euros. La forma de pago que estableces es de 100 euros ahora mediante dos letras de 50 euros más IVA es decir 53,5 euros y un pago final de 100 euros por subrogación a hipoteca. Lógicamente ese último pago por hipoteca lleva un IVA que es el caso que ahora nos ocupa. Entonces y siguiendo con el ejemplo, independientemente de que tu hipoteca final, por el famoso 10 por ciento de más o menos, el pago de IVA sería idéntico ya que no depende de el importe de hipoteca.
Espero haberte aclarado.