Efectivamente es así. Lo que está exento es el beneficio obtenido por la venta de tu antigua vivienda habitual, siempre y cuando reinviertas en un plazo no superior a dos años en una nueva vivienda habitual, no solamente ese beneficio obtenido, sino el importe total obtenido con la venta de la vivienda antigua.
El otro tema es el de la "plusvalía municipal", que realmente es Impuesto sobre el Incremento del Valor de los Terrenos de Naturaleza Urbana (IIVTNU). Este es un impuesto municipal que te liquida el propio ayuntamiento. El procedimiento es el siguiente: en un plazo de 30 días hábiles a contar desde el día siguiente a la fecha del otorgamiento de la escritura de compraventa de la vivienda que vendes, tienes que ir con esa escritura a la delegación de tributos del ayuntamiento en el que está situada esa vivienda, y allí te dan la liquidación del impuesto. Si la vivienda que vendes estaba en Madrid, la delegación de tributos está en la calle Alcalá, número 45.
El importe del impuesto estará en función del valor catastral del terreno (únicamente, no de la construcción), y del número de años que la hayas tenido en propiedad.