Hola,
Mi experiencia cuando compre mi casa es que eres libre de elegir el notario que quieras, lo único, que si quieres uno diferente al que esta con la constructora, seguramente tardará mas tiempo ya que todos los papeles de constitución de escritura e hipoteca hace que el del banco y el de la constructoria tenga que desplazarse ex-proceso a donde tu le digas.
Ahora mismo no recuerdo si en el contrato habia alguna claúsula a este respecto, pero como te comentaba anteriormente, mi experiencia cuando compre mi casa es que la gente que cambio de notario tardo algunos días mas que el resto.
Un saludo.