Buenas tardes, soy del Azahar 2 y de vez en cuando veo vuestro foro...
Como bien has dicho no se pueden realizar domiciliaciones en la cuenta vivienda, por tanto sea como sea, primero tienes que realizar un traspaso del dinero que mantengas en la cuenta vivienda y después realizar el pago que sea.
Yo te recomendaría intentar hacer el pago gordo que os quede, que supongo que será el IVA con lo que tengas en la cuenta vivienda, previo paso por tu cuenta corriente. Sobre el importe que no destines a la vivienda no vas a poder deducirte en el IRPF del próximo año. Quizás parte ya te la desgraves en el IRPF de este año, en ese caso hacienda te exigirá que les devuelvas esa parte de deducción que no has destinado a la vivienda...
No se si me he explicado bien... pero en resumen te recomiendo que sea un pago único y lo destines a la vivienda... si con ese importe te sobra de lo que te quede por pagar de IVA, entonces te recomiendo que lo que mantengas en la cuenta vivienda lo destines para pedir menos hipoteca, que ese importe lo des "a toca teja"...
Saludos!