Hola,
En un principio no hay ningún problema en usar el dinero de la cuenta ahorro vivienda para pagar la entrada del piso. Además supongo que ya habrás cancelado la cuenta ahorro vivienda.
Respecto a la segunda pregunta, entiendo que has pagado 30000€ mas IVA, de los cuales 10000€ venían de la cuenta ahorro vivienda. Así que habéis puesto 20000€ "nuevos".
En concepto de compra de vivienda te puedes desgravar un máximo de 9015€ por persona. Al ser dos personas, desgravais 18030€ de esos 20000€ "nuevos" :-) Por lo tanto, en lo que a desgravaciones se refiere, no importa que 10000€ de la entrada viniesen de una cuenta ahorro vivienda.
Un saludo!