Dices que en la escritura pone:
"El Índice de Referencia que se tendrá en cuenta será el último publicado en el boletín oficial del estado, al último día del segundo mes anterior al del inicio de cada período de revisión ...."
- Inicio del periodo de revisión 1 de junio
- segundo mes anterior abril
- ultimo día del segundo mes anterior 30 de abril
- ultimo publicado en esa fecha, el de marzo
Luego te lo han aplicado correctamente.
Y en cuanto a lo que dice al final "aunque en su publicación no se haya respetado la periodicidad prevista en la Resolución que lo define." pues eso, que es lo que esté publicado, y si por algo se han adelantado o retrasado en la publicación no afecta, es decir, estrictamente es el último publicado en esa fecha