Pues... la verdad es que a priori no le veo ninguna ventaja o desventaja. Es un alquiler, no una compra, que en su momento la podréis efectuar los dos sin problema, ya que no hay cláusulas de dinero (sólo de ocupación y posesión).
Tienes que asegurarte de que no os pasáis entre los dos en el sueldo a la hora de que os den el piso (de hacer el contrato de arrendamiento), nada más. Una vez hecho el contrato, si ganáis más de 5,5 veces el IPREM (más de 46.000 euros en este momento) entre los dos, no os van a decir nada en los 7 años de alquiler, ni al comprar el piso.
Por tanto, después del rollo que acabo de soltar, en conlusión, si no os pasáis del límite, podéis poneros los dos. Pero no le veo ventajas ni desventajas (sólo a la hora de obtener la ayuda, claro).
Si se le ocurre a alguien otra cosa...