Hola, no creo que haya ningún problema en instalar un aire acondicionado por conductos a posteriori pero si se instala el sistema air zone puede dar problemas
Para ponerlo hay que poner un mando en cada habitación que es el que permite regular individualmente la temperatura. Hay mandos con cable y sin cable. Los que no llevan cable pueden dar problemas según he leído en Internet y si se pone con cable hay que hacer una roza en cada habitación (sic)
También lleva un módulo para" entenderse"con la calefaccion, no tiene porqué pasar pero si algo falla al ser dos instaladores distintos puede haber problemas.
Si lo pones como mejora no quiere decir que no vaya a dar problemas pero creo que de más fácil solución.
No conozco un aire acondicionado por conductos que permita la regulación por zonas.
Un saludo