No hay problema en que el cercanías a la T4 (Valdebebas - Fuente de la Mora - Chamartín) continúe hasta Atocha, eso si, tendrá que ser por el TR1 (Nuevos ministerios - Recoletos) y NO por el TR2 (Nuevos Ministerios - Sol). La razón es que para ir por el nuevo túnel de ancho ibérico (el que pasa por Sol) habría que hacer muchos zizallamientos de vía (cruzarse muchas vías) a la entrada de la estación de Chamartín. afectando, en consecuencia, al tráfico.
Resumiendo, no hay impedimento técnico para que los trenes de cercanías que pasen por Valdebebas lleguen hasta Atocha y continúen su recorrido. Habrá que esperar a ver la oferta comercial de RENFE.