Respecto a las servidumbres, no te sé dar una base legal pero entiendo que, si no hay otro remedio, debe dejar. Pero hay que argumentar bien que no existe, técnicamente (no económicamente) otra alternativa.
Respecto a lo que se puede poner al lado de salas y silos: se puede poner lo que se quiera, porque lo que Ud. tendrá que hacer es convertir tanto sala de calderas como silo de biomasa, como locales de riesgo especial que son según el CTE, en recintos con una protección especial ante el fuego en todos los paramentos, puertas, ventanas... y contar con ventilación especial.
Espero que tengan en cuenta el gasto de estas obras a la hora de valorar esos gráficos tan ilustrativos en los que se vende lo mucho que se ahorra al instalar biomasa.