Hola Quiky, primero de todo comentarte que en las reformas integrales suele ser suficiente con una licencia menor, la única razón por la que te podrían exigir una licencia de obra mayor sería que estuvieras alterando un elemento estructural del edificio, que estuvieras cerrando un espacio abierto (balcón, terraza, tendedero...) y, por lo tanto, aumentando los metros cuadrados de vivienda, o que, si estas en un edificio protegido, alteres el aspecto de la fachada cambiando, por ejemplo, las ventanas. Si solo estás tirando tabiques y cambiando el aspecto interior del piso, no hay razón para una licencia de obra mayor.
En caso de que entregases una licencia de obra menor y no fuera suficiente, lo habitual es que el Ayuntamiento te mande una carta con un requerimiento. En esta carta se te informaría de que la documentación aportada no es la suficiente para el tipo de obra acometida y se te instaría a entregar la documentación que falta en un breve plazo de tiempo (en Madrid son 15 días). Si no se entrega está documentación ni se pide una prórroga, el Ayuntamiento abre un expediente sancionador y esto suele conllevar multas y, en el más extremo de los casos, una demolición de las obras realizadas, aunque esto último es muy poco habitual. En general, es suficiente con entregar la documentación adicional que te pidieran y no pasaría nada.