Hola!
No comentas si esas modificaciones se refieren a instalaciones, medidas, distribución de la vivienda, acabados distintos..... y la modificación de cada una de ellas puede tener una exlpicación.
No obstante como norma general, TODO lo que no se ajuste a lo que esté firmado por contrato es motivo de reclamación y obligación del constructor de cambiarlo.
Un saludo!